Em 1998 AeroSur foi designada Companhia Bandeira Boliviana mediante Decreto Supremo Nº. 25257 nomeando-a Co-executora dos convênios bilaterais e multilaterais internacionais.
Em julho de 2002, a Companhia Bandeira é certificada como Grande Operador Regular Nacional e Internacional do passageiro, carga e correio outorgado pela Direção Geral de Aeronáutica Civil da Bolívia.

AeroSur possui uma frota de 12 aeronaves: 6 Boeing 727-200, 1 Boeing 727-100, 1 Boeing 737-300, 1 Airbus 319, 1 Boeing 737-200, 1 Boeing 747-200 e 1 Boeing 757-200.